myisamchk é chamado desta forma:
        
shell> myisamchk [opções] nome_tabela
          As opções especificam o que você deseja
          que o myisamchk faça. Elas são descritas
          abaixo. (Você também pode obter a lista das opções com
          myisamchk --help.) Sem opções, o
          myisamchk simplesmente checa sua tabela.
          Para obter maiores informações ou dizer ao
          myisamchk para tomar ações corretivas,
          especifique as opções descritas abaixo e nas seções
          seguintes.
        
          nome_tabela é o nome da tabela do banco de
          dados que você deseja verificar/reparar. Se você executar o
          myisamchk em algum lugar diferente do
          diretório do banco de dados, você deve especificar o caminho
          para o arquivo, porque myisamchk não faz
          idéia de onde seu banco de dados se encontra. Na verdade,
          myisamchk não se importa se os arquivos
          estão localizados em um diretório de banco de dado; você
          pode copiar os arquivos que correspondem a uma tabela de banco
          de dados em outra localização e realizar neste outro lugar
          as operações corretivas.
        
          Você pode nomear várias tabelas na linha de comando do
          myisamchk se você desejar. Você também
          pode especificar um nome como um arquivo de índice (com o
          sufixo .MYI), que lhe permite especificar
          todas tabelas em um diretório utilizando o padrão
          *.MYI. Por exemplo, se você está em um
          diretório de banco de dados, você pode checar todas as
          tabelas no diretório desta forma:
        
shell> myisamchk *.MYI
Se você não estiver no diretório do banco de dados, você pode verificar todas as tabelas existentes especificando o caminho para o diretório:
shell> myisamchk /caminho/para/banco_de_dados/*.MYI
Você pode verificar todas as tabelas em todos os bancos de dados especificando um meta caracter com o caminho para o diretório de banco de dados do MySQL:
shell> myisamchk /caminho/para/diretório_dados/*/*.MYI
A maneira recomendada para conferir todas as tabelas rapidamente é:
myisamchk --silent --fast /caminho/para/diretório_dados/*/*.MYI isamchk --silent /caminho/para/diretório_dados/*/*.ISM
Se você quiser conferir todas as tabelas e reparar todas que estiverem corrompidas, pode utilizar linha a seguir:
myisamchk --silent --force --fast --update-state -O key_buffer=64M \
          -O sort_buffer=64M -O read_buffer=1M -O write_buffer=1M \
          /caminho/para/diretório_dados/*/*.MYI
isamchk --silent --force -O key_buffer=64M -O sort_buffer=64M \
        -O read_buffer=1M -O write_buffer=1M /caminho/para/diretório_dados/*/*.ISM
A linha acima assume que você tem mais de 64 MB de memória livre.
Perceba que se você obter um erro do tipo:
myisamchk: warning: 1 clients is using or hasn't closed the table properly
          Isto significa que você está tentando verificar uma tabela
          que está sendo atualizada por outro programa (como o servidor
          mysqld) que ainda não fechou o arquivo ou
          que finalizou sem fechar o arquivo corretamente.
        
          Se o mysqld está em execução, você deve
          forçar o sincronimo e fechamento de todas tabelas com
          FLUSH TABLES e assegurar que ninguém mais
          esteja utilizando as tabelas quando for executar o
          myisamchk. No MySQL versão 3.23 a forma
          mais simples de evitar este problema é utilizar
          CHECK TABLE no lugar de
          myisamchk para verificar as tabelas.
        
This is a translation of the MySQL Reference Manual that can be found at dev.mysql.com. The original Reference Manual is in English, and this translation is not necessarily as up to date as the English version.

