ほとんどシステムでは、--with-mit-threads オプションを指定して configure を実行して、強制的に MIT-pthreads を使用させることができる。

shell> ./configure --with-mit-threads

MIT-pthreads を使用している場合は、このコードへの変更を最小限に抑えたいので、ソースディレクトリ以外の場所へのビルドはサポートされていない。

MIT-pthreads を使用するかどうかを判断するチェックは、サーバコードを処理する設定プロセスの一環としてしか行われない。--without-server を使用してディストリビューションをコンフィギャしてクライアントコードだけをビルドした場合は、クライアントは MIT-pthreads を使用するかどうかを判断できず、デフォルトで Unix ソケット接続を使用する。 一部のプラットフォームでは、MIT-pthreads のもとで Unix ソケットが機能しないため、クライアントプログラムを実行するときに -h または --host を使用する必要がある。

MIT-pthreads を使用して MySQL をコンパイルした場合は、パフォーマンス上の理由から、デフォルトでシステムロックが無効になる。--external-locking オプションを使用して、システムロックの使用をサーバに指示することができる。これは、同じデータファイルに対して 2 つの MySQL サーバを実行できるようにする場合にのみ必要である（このような処理は推奨しない）。

pthread bind() コマンドがソケットへのバインドに失敗し、エラーメッセージが表示されないことがある（これは、少なくとも Solaris 上では発生する）。したがって、サーバへのすべての接続が失敗するということになる。以下に例を示す。

shell> mysqladmin version
mysqladmin: connect to server at '' failed;
error: 'Can't connect to mysql server on localhost (146)'

この問題の解決策は、mysqld サーバを強制終了して再起動することである。 これは、当社でサーバを強制的に停止してすぐに再起動したときに、偶然見つかった方法である。

MIT-pthreadsでは、sleep() システムコールに対して SIGINT（ブレーク）による割り込みを行うことはできない。これは、mysqladmin --sleep を実行したときにのみわかる。sleep() コールが終了してから、割り込みが実行されプロセスが停止する。

リンク時に、以下のような警告メッセージが表示されることがある（少なくとも Solaris では発生する）。これらのメッセージは無視してかまわない。

ld: warning: symbol `_iob' has differing sizes:
    (file /my/local/pthreads/lib/libpthread.a(findfp.o) value=0x4;
file /usr/lib/libc.so value=0x140);
    /my/local/pthreads/lib/libpthread.a(findfp.o) definition taken
ld: warning: symbol `__iob' has differing sizes:
    (file /my/local/pthreads/lib/libpthread.a(findfp.o) value=0x4;
file /usr/lib/libc.so value=0x140);
    /my/local/pthreads/lib/libpthread.a(findfp.o) definition taken

そのほかに、以下のような警告も無視してかまわない。

implicit declaration of function `int strtoll(...)'
implicit declaration of function `int strtoul(...)'

MIT-pthreads と連携して動作する readline はまだない（これは、必要のないものであるが、興味のあるユーザもいるかもしれない）。