innodb_log_arch_dir は、MySQL に関係しないため、my.cnf でこのパラメータを指定する必要がなくなった。

AUTOCOMMIT=1 モードの LOAD DATA INFILE が、1 MB 分のバイナリログが書き込まれるたびに暗黙的にコミットを実行しなくなった。

4.0.4 で検出されたバグを修正: LOCK TABLES ... READ LOCAL では、読み取られたローに行ロックを設定できなかった。このため、mysqldump でデッドロックやロック待ちタイムアウトが発生していた。

4.0.4 で検出された 2 つのバグを修正: AUTO_INCREMENT で、REPLACE がカウンタを 1 のままにする可能性があった。 デッドロックまたはロック待ちタイムアウトでも同じ問題が発生する可能性があった。

バグ修正: テンポラリテーブルで TRUNCATE を実行すると、InnoDB がクラッシュしていた。

4.0.5 で検出されたバグを修正: バイナリロギングをオフにしたまま INSERT INTO ... SELECT ... または CREATE TABLE ... SELECT ... を実行すると、btr0sea.c の 128 行目で作成されたセマフォで InnoDB がハングする可能性があった。 回避策: バイナリログをオンにする。

バグ修正: レプリケーションで、マルチステートメントトランザクションの途中に SLAVE STOP を発行すると、SLAVE START がトランザクションの一部しか実行しなくなる可能性があった。スレーブがクラッシュ後に再起動された場合も、同様のエラーが発生する可能性があった。