バグ修正: レコードを更新したことで最大長の 8,000 バイト（BLOB および TEXT なしで）を超過した場合に、InnoDB は単にクラスタードインデックスからレコードを削除していた。同様の挿入で、InnoDB が予約されたファイル領域のエクステントをリークし、それが次の mysqld 起動時まで解放されなかった。

バグ修正: ログファイルが比較的小さい場合に大きな BLOB 値を使用すると、大きな BLOB 操作の際に、InnoDB が最新のチェックポイントの後に作成されたログに一時的に上書きする可能性があった。その時点で InnoDB がクラッシュすると、最新のチェックポイントまでログをスキャンできないために、クラッシュリカバリが失敗していた。このバージョンより、InnoDB は最新のチェックポイントが十分に新しいことを保証するようになった。これを保証できない場合、InnoDB は MySQL の .err ログに警告を出力し、ログファイルを拡大するように勧告する。

バグ修正: innodb_fast_shutdown=0 を設定しても作用しなかった。

4.0.13 で検出されたバグを修正: CREATE TABLE がコメントで終わっていると、メモリオーバランが発生する可能性があった。

バグ修正: Windowsで InnoDB が .err ログに Operating system error number .. in a file operation を出力するときのエラー番号の説明が間違っていた。回避策: Windows のエラー番号については、http://www.innodb.com/ibman.php のセクション 13.2 を参照。

バグ修正: 固定長の CHAR カラムで、t(a CHAR(200), PRIMARY KEY (a(10))) のようにカラムプリフィックス PRIMARY KEY を作成すると、単純な SELECT でも InnoDB がクラッシュしていた。作成されたキーが PRIMARY でない場合も、CHECK TABLE からテーブルの破損が報告されていた。