Qaundo atualizar o MySQL no Windows, siga os passo abaixo:
Faça o download do última distribuição MySQL do Windows.
Escolha uma hora do dia com pouco uso, onde a parada para manutenção é aceitável.
Alerte os usuários que ainda estão ativos para sua parada de manutenção.
            Pare o Servidor MySQL em execução (por exemplo, com
            NET STOP mysql ou com o utilitário de
            Serviços se você estiver exeutando
            MySQL como um serviço, ou com mysqladmin
            shutdown).
          
            Finalize o programa WinMySQLAdmin se ele
            estiver em execução.
          
Execute o script de instalação do arquivo de distribuição do Windows, clicando no botão "Install" no WinZip e seguindo os passos da instalação do script.
            Você pode sobrescrever a sua instalação antiga do MySQL
            (normalmente em C:\mysql), ou
            instalá-la em um diretório diferente, como
            C:\mysql4. Sobrescrever a instalação
            antiga é o recomendado.
          
            Reinicie o serviço MySQL Server (por exemplo, com
            NET START mysql se você executar o MySQL
            como um serviço, ou chamado o mysqld
            diretamente).
          
Atualize a tabela de permissões. O procedimento está descrito em Secção 2.5.6, “Atualizando a Tabela de Permissões”.
Situações de erros possíveis:
A system error has occurred. System error 1067 has occurred. The process terminated unexpectedly.
        Este erro significa que seu arquivo my.cnf
        (por padrão C:\my.cnf) contém uma opção
        que não pode ser reconhecido pela MySQL. Você pode verificar
        que este é o caso tentando reiniciar o MySQL com o arquivo
        my.cnf renomeado, por exemplo, para
        my_cnf.old para prevenirt o servidor de
        usá-lo. Uma vez verificado isto, você precisa identificar qual
        parâmetro é o culpado. Crie um novo arquivo
        my.cnf e mova as partes do arquivo antigo
        para ele (reiniciando o servidor depois de mover cada parte)
        até que você determine qual opção está fazendo a
        inicialização do servidor falhar.
      
This is a translation of the MySQL Reference Manual that can be found at dev.mysql.com. The original Reference Manual is in English, and this translation is not necessarily as up to date as the English version.

