Antes de fazer uma atualização, você deve fazer o backup de seus bancos de dados antigos.

Você sempre pode mover os arquivos de formato e de dados do MySQL entre diferentes versões na mesma arquitetura enquanto você tiver versão base do MySQL. A versão base atual é 4. Se você alterar o conjunto de caracteres quando executar o MySQL, você deve executar myisamchk -r -q --set-character--set=charset em todas tabelas. De outra forma seus índices podem não ser corretamente ordenados, porque alterar o conjunto de caracteres também pode alterar a ordenação.

Se você tem receio de novas versões, você sempre pode renomear seu antigo mysqld para algo como mysqld-'número-da-versão-antiga'. Se o seu novo mysqld comportar de maneira inesperada, você simplesmente pode desliga-lo e reiniciar com seu antigo mysqld!

Se depois de uma atualização, você tiver problemas com programas clientes recompilados como Commands out of sync ou ``core dumps'' inexperados, você provavelmente usou um arquivo de cabeçalho ou de biblioteca antigo na compilação de seus programas. Neste caso você deve conferir a data de seu arquivo mysql.h e da biblioteca libmysqlclient.a para verificar que eles são da nova distribuição MySQL. Se não, por favor, recompile seus programas!

Se você tiver problemas, como na inicialização do novo servidor mysqld ou caso você não consiga conectar sem uma senha, confira se o seu arquvo my.cnf é o mesmo da antiga instalação! Você pode conferir com isto: nome-programa --print-defaults. Se isto não produzir outra saída além do nome do programa, você tem um arquivo my.cnf ativo que está afetando a operacionalidade do servidor!

É uma boa idéia reconstruir e reinstalar o módulo Perl DBD-mysql sempre que instalar uma nova versão do MySQL. O mesmo se aplica para outras interfaces MySQL, como Python MySQLdb.