データディレクトリには常にテーブル定義ファイル、データファイルおよびインデックスファイルがある。データファイルとインデックスファイルは、別の場所に移動し、データディレクトリ内でシンボリックリンクによって置換できる。定義ファイルはこれができない。

データファイルとインデックスファイルは、それぞれ独立して別のディレクトリにシンボリックリンクを作成できる。

シンボリックリンクは、オペレーティングシステムレベル（mysqld が実行されていない場合）、または SQL で CREATE TABLE に DATA DIRECTORY および INDEX DIRECTORY オプションを指定して実行できる。 See 項6.5.3. 「CREATE TABLE 構文」。

myisamchk は、データファイルやインデックスファイルのシンボリックリンクを置き換えない。 myisamchk はリンクで指し示されているファイルに直接作用する。テンポラリファイルはすべてデータファイルやインデックスファイルが配置されているのと同じディレクトリに作成される。

シンボリックリンクを使用しているテーブルをドロップすると、シンボリックリンクとシンボリックリンクが指しているファイルの両方がドロップされる。このため、root として mysqld を実行すべきではなく、また、MySQL データベースディレクトリへの書き込みアクセスをユーザに許可するべきでもない。

ALTER TABLE RENAME を使用してテーブルの名前を変更し、テーブルを他のデータベースに移動しない場合、データベースディレクトリのシンボリックリンクの名前が新しい名前に変更され、データファイルとインデックスファイルもそれに従って名前が変更される。

ALTER TABLE RENAME を使用してテーブルを別のデータベースに移動すると、テーブルが別のデータベースディレクトリに移動され、それまであったシンボリックリンクとそれが指すファイルが削除される（新規テーブルのシンボリックリンクは作成されない）。

シンボリックリンクを使用していない場合は、mysqld に --skip-symlink オプションを指定して使用し、確実に誰もデータディレクトリの外でファイルのドロップや名前の変更を行う mysqld を使用できないようにする。

ALTER TABLE では DATA DIRECTORY と INDEX DIRECTORY テーブルオプションが無視される。

MySQL 4.0.15 より前は、テーブルにシンボリックリンクがある場合、SHOW CREATE TABLE でレポートが行われない。これは、SHOW CREATE TABLE を使用して CREATE TABLE ステートメントを生成する mysqldump についても同様である。

BACKUP TABLE と RESTORE TABLE ではシンボリックリンクが考慮されない。

frm ファイルはシンボリックリンクにすることがまったくできない（前述のように、データファイルとインデックスファイルのみシンボリックリンクにできる）。 これを実行した場合（シノニム作成など）、正しい結果が得られなくなる。 MySQL データディレクトリにデータベース db1 があり、このデータベースにはテーブル tbl1 が、db1 ディレクトリには tbl1 を指すシンボリックリンク tbl2 があるとする。

shell> cd /path/to/datadir/db1
shell> ln -s tbl1.frm tbl2.frm
shell> ln -s tbl1.MYD tbl2.MYD
shell> ln -s tbl1.MYI tbl2.MYI

あるスレッドで db1.tbl1 が読み取られ、別のスレッドで db1.tbl2 が更新されると、問題が発生する。クエリキャッシュが欺かれ（tbl1 が更新されていないと判断され、最新でない結果が返される）、tbl2 に対する ALTER コマンドもエラーになる。