MySQL 4.0 にはクエリキャッシュがあり、反復クエリを使用するアプリケーションの速度を大幅に向上させることができる。 See 項6.9. 「MySQL クエリキャッシュ」。

バージョン 4.0 では、一括 INSERT ステートメント、パックされたインデックスの検索、FULLTEXT インデックスの作成、および COUNT(DISTINCT) など、いくつかの領域で MySQL サーバの速度がさらに向上している。

新しい組み込みサーバライブラリを使用すると、スタンドアロンアプリケーションおよび組み込みアプリケーションを容易に作成することができる。組み込みサーバは、クライアント/サーバ環境で MySQL を使用する 1 つの方法である。 See 項1.5.1.2. 「組み込み MySQL サーバ」。

InnoDB ストレージエンジンが MySQL サーバの標準機能として提供されるようになった。つまり、ACID トランザクションの完全サポート、連鎖 UPDATE および DELETE を使用した外部キー、および行レベルのロックが標準機能となっている。 See 項7.5. 「InnoDB テーブル」。

MySQL サーバ 4.0 の拡張された FULLTEXT 検索機能によって、大きいテキストの FULLTEXT インデックスが、バイナリと自然言語の両方の検索ロジックで作成可能になった。最小ワード長をカスタマイズし、任意の自然言語で独自のストップワード一覧を定義することができるため、MySQL サーバ上に新しいアプリケーションセットを構築することができる。 See 項6.8. 「MySQL 全文検索」。

他のデータベースシステムから MySQL サーバへの移行を容易にする機能として、（Oracle にある）TRUNCATE TABLE がある。

MySQL サーバで UNION ステートメントがサポートされるようになった。これは、多数のユーザが長い間待ち望んでいた標準の SQL 機能である。

MySQL が Novell NetWare 6.0 プラットフォーム上でネイティブに稼動するようになった。 See 項2.6.8. 「Novell NetWare の注意事項」。

ドイツ、オーストリア、およびスイスのユーザ向けに MySQL で新しいキャラクタセット latin1_de がサポートされるようになり、ドイツ語のソート順では、ウムラウトを含む単語がドイツの電話帳と同じ順序でソートされる。

ほとんどの mysqld パラメータ（スタートアップオプション）が、サーバを停止しなくても設定できるようになった。これは、データベース管理者（DBA）にとって便利な機能である。 See 項5.5.6. 「SET 構文」。

複数テーブルの DELETE および UPDATE ステートメントが追加された。

MyISAM ストレージエンジンにテーブルレベルの（以前のようにデータベースレベルのみではない）シンボリックリンクのサポートが追加された。また、Windows では、データベースレベルにおけるシンボリックリンクの処理がデフォルトで有効である。

新しく追加された関数 SQL_CALC_FOUND_ROWS と FOUND_ROWS() を使用すると、LIMIT 節を含む SELECT クエリがその節を含めない場合に返すレコードの数を調べることができる。