myisamchk は以下のように起動します。

shell> myisamchk [options] tbl_name

options は、myisamchk が実行することを指定します。それらについてはここで説明します（myisamchk --help を実行すると、オプションの一覧を取得できます）。オプションを指定しなければ、myisamchk はテーブルのチェックだけを行います。詳細情報を取得したり、myisamchk に修正を実行させるには、ここで説明するオプションを指定することが必要です。

tbl_name は、チェックおよび修復対象となるデータベーステーブル名です。データベースディレクトリ以外の場所で myisamchk を実行する場合、myisamchk に対してファイルのパスを指定する必要があります。実際、myisamchk は処理対象のファイルがデータベースディレクトリにあるかどうかを問題にしません。データベーステーブルのファイルを他の場所にコピーし、そこでリカバリ操作を実行することもできます。

myisamchk コマンドラインに複数のテーブル名を指定することもできます。また、インデックスファイル名（.MYI サフィックス付き）を指定することもできます。*.MYI パターンを使用すれば 1 つのディレクトリ内のすべてのテーブルを指定することができます。 たとえば、カレントディレクトリがデータベースディレクトリである場合、以下のようにすればディレクトリ内の全テーブルをチェックできます。

shell> myisamchk *.MYI

カレントディレクトリがデータベースディレクトリでない場合、以下のようにディレクトリのパスを指定することにより、その全テーブルをチェックできます。

shell> myisamchk /path/to/database_dir/*.MYI

MySQL データディレクトリのパスにワイルドカードを使用することにより、全データベースのすべてのテーブルをチェックすることもできます。

shell> myisamchk /path/to/datadir/*/*.MYI

すべてのテーブルに対して簡単にチェックを行う場合、以下の方法を推奨します。

myisamchk --silent --fast /path/to/datadir/*/*.MYI
isamchk --silent /path/to/datadir/*/*.ISM

すべてのテーブルをチェックし、破損していたテーブルをすべて修復するには、以下を実行します。

myisamchk --silent --force --fast --update-state -O key_buffer=64M \
          -O sort_buffer=64M -O read_buffer=1M -O write_buffer=1M \
          /path/to/datadir/*/*.MYI
isamchk --silent --force -O key_buffer=64M -O sort_buffer=64M \
        -O read_buffer=1M -O write_buffer=1M /path/to/datadir/*/*.ISM

この例では、64 メガバイト以上の空き容量があることを前提にしています。

注意: 以下のエラーが発生する場合があります。

myisamchk: warning: 1 clients is using or hasn't closed the table properly

これは、他のプログラム（mysqld サーバなど）によって更新されてまだ閉じられていないファイル、または正しく閉じられていないファイルのテーブルをチェックしようとしているということです。

mysqld を実行中であれば、FLUSH TABLES ですべてのテーブルの同期とクローズを強制的に実行し、myisamchk を実行する間は他のだれにもテーブルを使用させないようにしてください。MySQL バージョン 3.23 で、この問題を回避する最も簡単な方法は、myisamchk の代わりに CHECK TABLE を使用してテーブルをチェックすることです。