極めて固有な問題が起きた場合は、いつでも MySQL のデバッグを試みることができます。デバッグするには、--with-debug または --with-debug=full オプションを指定して MySQL を設定する必要があります。 MySQL がコンパイルされたかどうかをチェックするには、mysqld --help を実行します。--debug オプションが表示されたらデバッグは有効です。この場合、mysqladmin ver を実行すると、mysqld バージョンが mysql ... --debug として表示されます。

gcc または egcs の使用時には、以下の configure 行が推奨されています。

CC=gcc CFLAGS="-O2" CXX=gcc CXXFLAGS="-O2 -felide-constructors \
   -fno-exceptions -fno-rtti" ./configure --prefix=/usr/local/mysql \
   --with-debug --with-extra-charsets=complex

これによって、libstdc++ ライブラリと C++ 例外に関する問題が回避され（多くのコンパイラでは、スレッドコードで C++ 例外が発生します）、すべてのキャラクタセットのサポート付きで MySQL がコンパイルされます。

メモリオーバーランエラーの疑いがある場合、--with-debug=full オプションを指定して MySQL を設定し、メモリ割当（SAFEMALLOC）チェッカをインストールできます。ただし、SAFEMALLOC を指定して実行すると非常に遅くなるので、パフォーマンスの問題が生じたときには mysqld を --skip-safemalloc オプションで起動してください。これによって、malloc() と free() に対する呼び出しのたびにメモリオーバーランのチェックが無効になります。

mysqld が --with-debug 付きのコンパイル時にクラッシュしなくなった場合、コンパイラバグまたはタイミングバグが MySQL で検出されたと考えられます。この場合、上記の CFLAGS および CXXFLAGS 変数に -g を追加し、--with-debug を指定しない方法を試みることができます。mysqld がクラッシュした場合、少なくとも gdb を使用してアタッチするか、コアファイル上で gdb を実行して何が起きたか確認することは可能です。

デバッグ用に MySQL を設定すると、多くの特別なチェック関数が自動的に有効になり、これらによって mysqld の状態が監視されます。 ``予期しない'' 状態が検出された場合、stderr にエントリが書き込まれ、mysqld_safe によってエラーログに送信されます。つまり、予期しない問題が MySQL で発生したときにソースディストリビューションを使用している場合、まず MySQL をデバッグ用に設定する必要があります。その後は MySQL メーリングリストにメールを送信し、ヘルプを依頼してください。 See 項1.7.1.1. 「MySQL メーリングリスト」。 ご利用の MySQL バージョンに関するバグレポートまたは質問については、mysqlbug を使用してください。

Windows 版 MySQL ディストリビューションでは、mysqld.exe がデフォルトでコンパイルされています（トレースファイルのサポート付き）。