BDB テーブルは、.db ファイルに、作成されたときのこのファイルへのパスを格納する （これは、シンボリックリンクをサポートするマルチユーザ環境でロックを検出できるようにするために行われる）。

このため、BDB テーブルはディレクトリ間で移動できない。

BDB テーブルのバックアップを取るときは、mysqldump を使用するか、すべての table_name.db ファイルと BDB ログファイルのバックアップを取る必要がある。BDB のログファイルは、ベースデータディレクトリにある log.XXXXXXXXXX（10 桁）という名前のファイルである。 BDB ストレージエンジンは未完了のトランザクションをログファイルに格納する。これらのログは、mysqld が起動されるときに存在していなければならない。