MySQL utiliza el valor de la variable de entorno TMPDIR como la ruta al directorio en el que almacenar archivos temporales. Si no tiene configurada TMPDIR, MySQL utiliza el valor por defecto del sistema, que normalmente es /tmp, /var/tmp, o /usr/tmp. Si el sistema de archivos que contiene su directorio de archivos temporales es demasiado pequeño, puede utilizar la opción --tmpdir de mysqld para especificar un directorio en un sistema de archivos en el que tenga suficiente espacio.

Desde MySQL 4.1, la opción --tmpdir puede establecerse como una lista de varias rutas que son utilizadas de manera round-robin. Las rutas deben estar separadas por caracteres de dos puntos (':') en Unix, y de punto y coma (';') en Windows, NetWare y OS/2. Nota: Para repartir la carga de manea efectiva, estas rutas tienen que estar colocadas en diferentes discos físicos, no en diferentes particiones del mismo disco.

Si el servidor MySQL actua como un esclavo de replicación, no debería hacer que --tmpdir apunte a un drectorio en un sistema de archivos basada en memoria, o un directorio que se limpia cuando la máquina se reinicia. Un esclavo de replicación necesita algunos de sus archivos temporales para sobrevivir a un reinicio de la máquina de manera que pueda replicar tablas temporales u operaciones LOAD DATA INFILE. Si se pierden archivos del directorio temporal cuando el servidor reinicia, la replicación falla.

MySQl crea todos los archivos temporales como archivos ocultos. Esto asegura que los archivos temporales se eliminan si mysqld termina. La desventaja de utilizar archivos ocultos es que usted no podrá ver el gran archivo temporal que llena su sistema de archivos.

Cuando ordena (ORDER BY o GROUP BY), MySQL normalmente utiliza uno o dos archivos temporales. El espacio máximo de disco requerido se determina con la siguiente expresión:

(longitud de lo que está siendo ordenado + tamañode(puntero de fila))
* número de filas concordantes
* 2

El tamaño del puntero de fila es normalmente de 4 bytes, pero puede crecer en el futuro para tablas realmente grandes.

Para algunas consultas SELECT, MySQL también crea tablas SQL temporales. Estas no están ocultas y tienen nombres del tipo SQL_*.

ALTER TABLE crea una tabla temporal en el mismo directorio que la tabla original.