Un MySQL server que es parte de un MySQL Cluster difiere sólo en un aspecto de un servidor MySQL normal (no cluster), en que emplea el motor NDB Cluster . Este motor también se conoce símplemente como NDB, y las dos formas del nombre son sinónimas.

Para evitar reserva innecesaria de recursos, el servidor se configura por defecto con el motor NDB desactivado. Para activar NDB, necesitará configurar el fichero de configuración my.cnf del servidor con la opción --ndbcluster .

Desde que MySQL server es parte del cluster, necesita datos de configuración que sepa cómo acceder al nodo MGM para obtener datos de configuración del cluster. El comportamiento por defecto es buscar el nodo MGM en localhost. Sin embargo, puede necesitar especificar su localización donde se encuentre, esto puede hacerse en my.cnf o en la línea de comandos del servidor MySQL. Antes de poderse usar el NDB, al menos un nodo MGM debe ser operacional, así como los nodos de datos deseados.