Si usa ALTER TABLE para cambiar una tabla MERGE a otro tipo de tabla, el mapeo de las tablas subyacentes se pierde. En su lugar, los registros de las tablas subyacentes MyISAM se copian en la tabla alterada, que luego se asigna al nuevo tipo.

REPLACE no funciona.

No puede usar DROP TABLE, ALTER TABLE, DELETE FROM sin una cláusula WHERE , REPAIR TABLE, TRUNCATE TABLE, OPTIMIZE TABLE, o ANALYZE TABLE en alguna de las tablas que se mapean en una tabla MERGE abierta. Si lo hace, la tabla MERGE puede referirse a la tabla original, lo que conduce a resultados inesperados. La forma más fácil de solucionar esto es realizar un comando FLUSH TABLES antes de realizar ninguna de estas operaciones para segurar que no quedan abiertas tablas MERGE .

Una tabla MERGE no puede mantener restricciones UNIQUE sobre la tabla entera. Cuando realiza un INSERT, los datos van a la primera o última tabla MyISAM (dependiendo del valor de la opción INSERT_METHOD ). MySQL se asegura que los valores de clave única sean únicos dentro de la tabla MyISAM , pero no entre todas las tablas en la colección.

Cuando crea una tabla MERGE , no se chequea que las tablas subyacentes existan y tengan una estructura idéntica. Cuando se usa la tabla MERGE , MySQL chequea que la longitud del registro para todas las tablas mapeadas sea la misma, pero esto no es "a prueba de bombas". Si crea una tabla MERGE de tablas MyISAM disimilares, es muy posible que tenga problemas extraños.

El orden de índices en la tabla MERGE y sus tablas subyacentes debe ser el mismo. Si usa ALTER TABLE para añadir un índice UNIQUE a una tabla usada en una tabla MERGE , y después usa ALTER TABLE para añadir un índice no único en la tabla MERGE , la ordenación de índice es distinta para las tablas si ya hay un índice no único en las tabla subyacentees. (Esto es porque ALTER TABLE pone los índices UNIQUE antes de los índices no únicos para facilitar detección rápida de claves duplicadas.) Consecuentemente, las consultas en tablas con tales índices pueden retornar resultados no esperados.

DROP TABLE en una tabla en uso por una tabla MERGE no funciona en Windows ya que el mapeo del motor de almacenamiento MERGE está escondido por la capa superior de MySQL. Desde Windows no se permite el borrado de ficheros abiertos, debe volcar todas las tablas MERGE (con FLUSH TABLES) o borrar la tabla MERGE antes de borrar la tabla.