MERGE テーブルでは、テーブル全体で UNIQUE 制約を保持できない。INSERT を実行すると、INSERT_METHOD=xxx に応じてデータが最初または最後のテーブルに挿入される。挿入先の MyISAM テーブルではそのデータが一意であることが保証されるが、このテーブルは他の MyISAM テーブルについてまったく関知しない。

WHERE なしで DELETE FROM merge_table を使用すると、テーブルに対するマッピングのみが消去され、マップされたテーブルの内容は一切削除されない。

アクティブな MERGE テーブルで使用されているテーブルに対して RENAME TABLE を実行すると、テーブルが破損するおそれがある。これは MySQL 4.1.x で修正される予定。

MERGE 型のテーブルを作成するときに、その構成要素となるテーブルの型に互換性があるか、またはそのテーブル自体が存在するかがチェックされない。MERGE テーブルが使用される際に、マップされたテーブル間でレコード長が等しいかどうかが MySQL によって簡単にチェックされるが、これでは完全な検証にならない。

このような方法で MERGE をテーブルを使用していると、高い確率で未知の問題が発生する。

ALTER TABLE を使用して MERGE テーブルで使用されているテーブルに UNIQUE インデックスを追加した後に、再び ALTER TABLE を使用して MERGE テーブルに通常のインデックスを追加すると、以前の一意でないキーがテーブルに存在していた場合に、テーブルに対するキーの順序が変わる。これは、重複キーをできるだけ早く検出できるように、ALTER TABLE が UNIQUE キーを通常のキーの前に配置するためである。

Windows では、MERGE テーブルが使用しているテーブルに対して DROP TABLE を実行できない。これは、MERGE ストレージエンジンが実行するテーブルマッピングを MySQL の上位レイヤが認識しないためである。Windows では開いているファイルを破棄できないため、対象のテーブルを破棄する前に、FLUSH TABLES ですべての MERGE テーブルをフラッシュするか、MERGE テーブルを破棄する必要がある。これについては、ビューを導入するときに修正する。