Kataloog /usr on põhiline rakenduste asukoht. Selle kataloogi binaarfaile ei ole vaja süsteemi käivitamisel ega hooldamisel, mistõttu /usr hierarhia võib asuda ja sageli asubki omaette failisüsteemis. Kuna kataloog on tavaliselt väga suur, on /usr omaette alamkataloogide hierarhiaga. Mainime siinkohal neist vaid mõningaid:
/usr/X11R6: kogu X Window Systemi hierarhia. Kõik X'i toimimiseks vajalikud binaarfailid ja teegid (kaasa arvatud X'i serverid) peavad asuma siin. Kataloog /usr/X11R6/lib/X11 sisaldab kõiki X'i seadistusi, mis on erinevatel arvutitel ühesugused. Igale arvutile spetsiifilised konfiguratsioonifailid peaks paiknema kataloogis /etc/X11.
/usr/bin: sisaldab enamikku süsteemi binaarfailidest. Kõik binaarprogrammid, mida ei ole vaja süsteemi hooldamiseks ja mis ei kujuta endast süsteemi haldamiseks mõeldud programme, peavad asuma selles kataloogis. Ainsaks erandiks on programmid, mida Te ise kompileerite ja paigaldate - need peavad asuma kataloogis /usr/local.
/usr/lib: sisaldab kõiki teeke, mida on vaja kataloogides /usr/bin ja /usr/sbin leiduvate programmide tööks. On ka viit /usr/lib/X11, mis viitab kataloogile /usr/X11R6/lib/X11, kus leiduvad X Window Systemi teegid (aga ainult juhul, kui X on paigaldatud)[3].
/usr/local: siia tuleb paigaldada kõik rakendused, mida Te ise lähtekoodist kompileerite. Paigaldusprogramm peaks looma rakendusele vajaliku hierarhia.
/usr/share: selles kataloogis leiduvad kõik kirjutuskaitstud, arhitektuurist sõltuvad andmed, mida vajavad kataloogis /usr paiknevad rakendused. Muu hulgas on siin ajavööndi ja Teie lokaadi andmed (zoneinfo ja locale).
Mainime veel ka katalooge /usr/share/doc ja /usr/share/man, mis sisaldavad vastavalt rakenduste dokumentatsiooni ja süsteemi manuaalilehekülgi.
[3] Arvestage, et Mandriva Linuxis on nüüdseks vaikimisi X Window süsteemina X Window System asemel kasutusel Xorg.