/usr/X11R6 : toute la hiérarchie de X Window System. Tous les binaires nécessaires au fonctionnement de X (cela comprend bien sûr les serveurs X) et toutes les bibliothèques nécessaires doivent s'y trouver. Le répertoire portant le nom /usr/X11R6/lib/X11 contient les aspects de la configuration de X qui ne varient pas d'une machine à l'autre. Nous avons déjà vu que la configuration spécifique pour chaque machine est dans /etc/X11 ;

/usr/bin : ce répertoire contient la grande majorité des programmes binaires du système. Tout programme binaire qui n'est pas nécessaire à l'entretien du système et n'est pas un programme d'administration du système doit se trouver dans ce répertoire, à l'exception des programmes que vous compilez et installez vous-même, qui doivent se trouver dans /usr/local.

/usr/lib : ce répertoire contient toutes les bibliothèques nécessaires à l'exécution des programmes situés dans le répertoire /usr/bin et /usr/sbin. Il existe également un lien symbolique, /usr/lib/X11, qui pointe vers /usr/X11R6/lib/X11, le répertoire renfermant les bibliothèques de X Window System (mais seulement si X est installé) ^[4]).

/usr/local : c'est dans ce répertoire que vous devrez installer les applications que vous aurez compilées vous-même. Le programme d'installation devrait y créer toute la hiérarchie nécessaire.

/usr/share : ce répertoire contient toutes les données en lecture seule et indépendantes de la plate-forme, nécessaires aux applications dans /usr. Vous y trouverez notamment les informations de zone et de localisation (zoneinfo et locale).