/usr/X11R6: toda la jerarquía de X Window System. Todos los binarios y bibliotecas necesarios para la operación de X (incluyendo los servidores X) se deben ubicar aquí. El directorio /usr/X11R6/lib/X11 contiene todos los aspectos de la configuración de X que no varían de una computadora a otra. Las configuraciones específicas de cada computadora deberían ir en /etc/X11.

/usr/bin: contiene la gran mayoría de los programas binarios del sistema. Cualquier programa binario que no sea necesario para el mantenimiento del sistema y no es un programa de administración del sistema se debe ubicar en este directorio. Las únicas excepciones son los programas que compile e instale Usted mismo, que se deben ubicar en /usr/local.

/usr/lib: contiene todas las bibliotecas necesarias para emplear los programas ubicados en /usr/bin y /usr/sbin. También hay un vínculo simbólico /usr/lib/X11 que apunta al directorio que contiene las bibliotecas de X Window System, /usr/X11R6/lib/X11 (pero sólo si X está instalado)^[5].

/usr/local: aquí es donde debería instalar las aplicaciones que compila desde los fuentes. El programa de instalación habrá creado la jerarquía necesaria.

/usr/share: contiene todos los datos de sólo lectura independientes de la arquitectura que necesitan las aplicaciones que se encuentran en /usr. Entre otras cosas, Usted encontrará la información de la zona y de la ubicación (zoneinfo y locale).